Top 10 khoản thuế doanh nghiệp dễ bị truy thu – Cẩn trọng để tránh nộp phạt oan

Nhiều doanh nghiệp Việt Nam bị truy thu hàng chục triệu, thậm chí hàng trăm triệu đồng sau các đợt thanh – kiểm tra thuế. Phần lớn các khoản truy thu xuất phát từ lỗi khai báo, ghi nhận chi phí không đúng, hoặc vi phạm hành chính trong quá trình hoạt động.

Dưới đây là 10 loại thuế và khoản mục mà doanh nghiệp dễ bị truy thu nhất – kèm theo hướng dẫn nhận biết và xử lý sớm.


1. Thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ

Nhiều doanh nghiệp kê khai khấu trừ hóa đơn GTGT mà:

  • Không có hợp đồng/biên bản nghiệm thu
  • Không thanh toán qua ngân hàng
  • Nhà cung cấp bỏ trốn, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký

Kết quả: bị truy thu 100% thuế GTGT đã khấu trừ + phạt vi phạm hành chính.


2. Thuế TNDN do loại chi phí không hợp lệ

Chi phí không đủ hóa đơn, chứng từ, hoặc không liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh sẽ bị loại trừ khi tính thuế TNDN. Các khoản phổ biến bị loại:

  • Chi phí tiếp khách không có danh sách, nội dung rõ ràng
  • Chi phí lương không có hợp đồng lao động, bảng lương
  • Khấu hao tài sản không đăng ký

3. Thuế môn bài bị truy thu do không nộp/khai sai

Doanh nghiệp mới thành lập phải khai và nộp thuế môn bài trong vòng 30 ngày. Nhiều công ty bị phạt do:

  • Không nộp đúng hạn
  • Không kê khai năm đầu tiên
  • Chưa đóng dù vẫn hoạt động

4. Truy thu do không kê khai thuế trong nhiều kỳ

Nếu doanh nghiệp không nộp tờ khai thuế trong 2–3 quý liên tục, cơ quan thuế sẽ:

  • Chuyển trạng thái mã số thuế sang “ngừng hoạt động”
  • Áp dụng cưỡng chế, đóng băng tài khoản
  • Truy thu và phạt chậm nộp theo lãi suất

5. Thuế TNCN chưa khấu trừ, chưa nộp

Doanh nghiệp trả lương cho nhân viên nhưng không khấu trừ thuế TNCN, không nộp thay cho người lao động sẽ bị truy thu toàn bộ số thuế chưa nộp + lãi phạt.


6. Truy thu do sai sót hóa đơn đầu ra

Các lỗi thường gặp:

  • Xuất sai tên, mã số thuế khách hàng
  • Xuất thiếu hàng hóa, dịch vụ đã cung cấp
  • Xuất hóa đơn sau thời điểm kiểm tra

Cơ quan thuế có thể loại doanh thu ra khỏi kỳ tính, dẫn đến bị truy thu.


7. Truy thu khi giải thể doanh nghiệp

Trước khi cho phép giải thể, cơ quan thuế sẽ rà soát toàn bộ nghĩa vụ thuế. Các lỗi phổ biến:

  • Chưa nộp đủ thuế GTGT, TNDN, môn bài
  • Thiếu tờ khai quyết toán năm
  • Chênh lệch sổ sách kế toán và báo cáo thuế

8. Khai sai mã ngành ảnh hưởng mức thuế khoán

Doanh nghiệp kinh doanh ngành nghề có thuế suất đặc biệt nhưng kê khai không đúng sẽ bị truy thu phần chênh lệch, kèm xử phạt về hành vi kê khai sai.


9. Không đăng ký tài khoản ngân hàng với cơ quan thuế

Nếu giao dịch qua tài khoản chưa đăng ký mà cơ quan thuế phát hiện, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế GTGT/TNDN liên quan đến các giao dịch đó.


10. Không điều chỉnh hồ sơ khi phát hiện sai sót

Doanh nghiệp phát hiện lỗi trong tờ khai nhưng không nộp hồ sơ bổ sung đúng hạn sẽ bị truy thu theo kết luận của cơ quan thuế – thay vì được tự điều chỉnh.


Giải pháp phòng tránh truy thu thuế doanh nghiệp

  • Rà soát định kỳ hóa đơn, sổ sách và chứng từ kế toán
  • Đảm bảo mọi chi phí có hóa đơn hợp lệ và thanh toán đúng luật
  • Kiểm tra hồ sơ khai thuế trước khi nộp
  • Thực hiện khai và nộp thuế đúng hạn, không để thiếu kỳ
  • Tư vấn định kỳ với đơn vị chuyên môn như TLSFirm

Liên hệ TLSFirm – Kiểm tra và xử lý rủi ro thuế

Với hơn 200 doanh nghiệp đã được hỗ trợ, TLSFirm cung cấp dịch vụ:

  • Soát xét rủi ro thuế trước kiểm tra
  • Gỡ truy thu, xin giảm phạt hành chính
  • Hỗ trợ giải trình với cơ quan thuế
  • Tư vấn tối ưu kế toán thuế theo đúng luật

Gửi mã số thuế để được kiểm tra miễn phí